Исследователи детской исследовательской больницы Сент-Джуда продемонстрировали, что всестороннее геномное секвенирование всех педиатрических онкологических больных возможно и необходимо для использования спасительного потенциала точной медицины.

Секвенирование всего генома и всего экзома ДНК зародышевой линии было предложено всем 309 пациентам, включенным в исследование. Полногеномный, полный экзом и РНК-секвенирование опухолевой ДНК было проведено у 253 пациентов, для которых были доступны адекватные образцы опухоли.

В целом 86% пациентов имели по крайней мере одно клинически значимое изменение ДНК опухоли или зародышевой линии. Это были варианты, связанные с диагнозом, прогнозом, терапией или предрасположенностью к раку. Исследователи подсчитали, что у 1 из 5 пациентов были клинически значимые мутации, которые остались бы незамеченными при использовании стандартных методов секвенирования.

«Некоторые из наиболее клинически значимых результатов стали возможны только потому, что исследование объединило секвенирование всего генома с секвенированием всего экзома и РНК», — сказал Цзинхуэй Чжан, доктор философии, заведующий кафедрой вычислительной биологии Сент-Джуда и соавтор книги. изучение.

Каждая опухоль уникальна. Каждый пациент уникален.

Комплексное клиническое секвенирование, которое включает секвенирование всего генома, всего экзома и РНК, не является широко доступным. Но по мере того, как технология становится менее дорогой и доступной для большего числа пациентов, исследователи считают, что комплексное секвенирование станет важным дополнением к педиатрической онкологической помощи.

«Мы хотим изменить образ мышления в этой области», — сказал Дэвид Уиллер, доктор философии, руководитель группы Precision Genomics в Сент-Джуде и соавтор исследования. «Мы продемонстрировали потенциал использования геномных данных на уровне пациента. Даже при обычных детских раковых заболеваниях каждая опухоль уникальна, каждый пациент уникален.

«Это исследование показало возможность выявления уязвимых мест опухолей и обучения их использованию для улучшения ухода за пациентами», — сказал он.

Секвенирование опухоли привело к изменению лечения 12 из 78 пациентов, для которых стандарт лечения был неудачным. У четырех из 12 пациентов изменения стабилизировали болезнь и продлили жизнь пациентов. Другой пациент с острым миелоидным лейкозом вошел в ремиссию и был вылечен трансплантацией стволовых клеток крови.

«Благодаря всестороннему геномному тестированию в этом исследовании мы смогли четко идентифицировать опухолевые вариации, которые можно лечить с помощью целевых агентов, открыв двери для того, как онкологи управляют своими пациентами», — сказал соавтор-корреспондент Ким Николс, доктор медицины, St. Jude Cancer. Директор отдела предрасположенности.

Дополнительные выводы и подробности

В Genomes for Kids были включены пациенты с августа 2015 года по март 2017 года.

Восемнадцать процентов пациентов имеют вариации зародышевой линии одного из 156 известных генов предрасположенности к раку.

Почти две трети выявленных вариаций зародышевой линии не были бы обнаружены на основании текущих рекомендаций по скринингу.

Следующие шаги

Genomes for Kids помог запустить больничную программу клинической геномики, в которой на сегодняшний день зарегистрировано около 2700 больных раком.

Между тем, данные, полученные в ходе исследования «Геномы для детей», доступны международному исследовательскому сообществу бесплатно. Обмениваясь данными, Сент-Джуд стремится ускорить понимание и лечение рака у детей.

«Даже самые излечимые виды рака не излечимы у всех пациентов. Например, рецидив остается основной причиной смерти самого распространенного детского рака — острого лимфобластного лейкоза», — сказал Николс. «Чтобы понять и предсказать, какие пациенты ответят на лечение, а какие не потребуют сбора исчерпывающих геномных данных обо всех пациентах».